Akadémia vznikla pred 645 rokmi, 12. mája 1364.
Prívlastok univerzity pomenovaný podľa kráľovského rodu Jagelovcov trošku zavádza, pretože v skutočnosti nevznikla na popud člena tejto dynastie a jej dnešný názov sa zaužíval až v priebehu 19. storočia. Pri zrode tejto inštitúcie stál posledný Piastovec a azda najvýznamnejší poľský panovník stredoveku - Kazimír III. Veľký.
Pýcha kráľa Kazimíra
Ak počas vrcholiaceho stredoveku vznikla v stredoeurópskom priestore univerzita, stalo sa tak len v politicky a hospodársky stabilizovanom období. Poľsko také zažívalo vďaka diplomaticky zdatnému kráľovi Kazimírovi Veľkému v druhej polovici 14. storočia. Jeho moc bola na vzostupe a tak si uvedomil, že národ potrebuje triedu vzdelancov, najmä právnikov, ktorí by kodifikáciou zákonov a ich administráciou priniesli na kráľovský dvor poriadok.
Založenie univerzity.
Smelá myšlienka napodobiť úspech prekvitajúcej Karlovej univerzity však takmer dva roky čakala na povoľovaciu bulu pápeža Urbana V. Keď ju vydal, Kazimír v máji 1364 po prvý aj poslednýkrát v poľskej histórii zvolal do Krakova popredných európskych monarchov, aby oznámil, že vzniknuté učenie pod názvom Studium Generale bude sformované podľa vzoru najstaršej európskej univerzity v Bologni. Panovník ho usídlil do svojej tesnej blízkosti – na kráľovský hrad Wawel.
Lesk, pád a vzkriesenie
Akademické vzdelávanie sa začalo v roku 1367 na troch odboroch: fakulte slobodných umení, lekárskej fakulte a predovšetkým tej právnej, ktorá spomedzi celkového počtu ôsmich katedier vyhradila až päť rímskemu právu. Ešte stále chýbala prestížna teologická fakulta, pretože na jej vznik nedal pápež, rovnako ako neskôr vo Viedni a Pešti, súhlas. Moderná výučba však zaručovala študentom nielen sociálne úľavy, ale aj právo výberu rektora, ktorého rozhodnutia boli nadradené aj bežným súdom.
Po náhlej smrti obľúbeného Kazimíra v novembri 1370 sa v dôsledku nezáujmu novej poľskej hlavy a zároveň uhorského kráľa Ľudovíta I. z Anjou aktivity školy pribrzdili a väčšina učencov a študentov ušla do Prahy. Až nástup panovníka Vladislava II. Jagelovského a jeho manželky Hedvigy Uhorskej o šestnásť rokov neskôr, nasmeroval školu k lepším časom. A aj ku konečnému súhlasu založiť teologickú fakultu. Láskaví manželia univerzite všemožne pomáhali – pobožná Hedviga jej vo svojom testamente zanechala nemalý osobný majetok a štedrý Vladislav jej v roku 1400 venoval budovu hlavného sídla - Collegium Maius.
Zlatý vek
Znovuzrodenie univerzity umožnil v roku 1386 vznik poľsko-litovskej únie a nástup litovského rodu Jagelovcov. V priebehu celého 15. storočia a počiatku toho nasledujúceho sa stal Krakov azda najprestížnejším humanistickým strediskom v strednej Európe. Univerzita nadobudla vďaka prílevu talianskych, nemeckých a českých učencov medzinárodný význam, čo potvrdzuje aj fakt, že v rokoch 1433 – 1510 pochádzala takmer polovica jej študentov zo zahraničia.
Pýchou školy sa stala prvá samostatná katedra astronómie a matematiky.
Delegácia členov Krakovskej akadémie sa sympaticky zapísala aj do dejín Kostnického koncilu, počas ktorého sa neskorší rektor Pawel Wlodkowic zastal Jana Husa, keď vo svojom traktáte obhajoval ideu mierového súžitia kresťanov a pohanov. Aj tento fakt potvrdil moderné myšlienky šíriace sa hradným kopcom nad riekou Visla.
Počas prvej polovice 16. storočia sa univerzita postavila proti náboženskej reformácii tak tvrdo, že vedecké práce inovercov podliehali tvrdej cenzúre. Tento fakt v spojení s násilným presadzovaním jezuitskej scholastiky postupne rozmetával jej kozmopolitnú atmosféru. Najstaršej kapitole tejto školy zaznel umieračik. Počnúc 18. storočím sa toto poľské centrum vzdelanosti niekoľkokrát otriaslo v základoch, ale napokon so cťou prečkalo všetky notoricky známe politické zvraty a národné traumy.
Dnes Uniwersytet Jagielloński so závideniahodnou výbavou budov roztrúsených po celom meste bojuje už len na jednom fronte – v prestížnom dueli proti Varšavskej univerzite.
Najslávnejší absolventi školy
Mikuláš Kopernik – astronóm.
Francysk Skaryna – kodifikátor bieloruského jazyka.
Ján III. Sobieski – vojenský veliteľ a poľsko-litovský kráľ.
Karol Wojtyła – neskorší pápež Ján Pavol II.
Stanisław Lem – literát.
