Dee pochádzal z počestnej a zámožnej rodiny obchodníka. Začal študovať matematiku, filozofiu, astronómiu a geografiu v Cambridgei. Pokračoval na najpoprednejších univerzitách Európy, kde predchádzajúce odbory doplnil o štúdium astrológie, alchýmie a mágie. Mal iba 23 rokov, keď už sám s veľkým úspechom prednášal matematiku v Paríži.
Rýchlo stal jedným z najuznávanejších učencov svojho obdobia. Po návrate do Anglicka ho vymenovali za kráľovského matematika. Stal sa vychovávateľom následníka trónu a synov významných šľachticov. V čase prechodného obnovenia katolíckej vlády nad Anglickom si však vyskúšal aj väzenie.
Vymyslel Britské impérium
Najväčšia Deeova sláva sa začala po nástupe kráľovnej Alžbety na anglický trón. Priazeň panovníčky si získal, keď z hviezd predpovedal vhodný deň a pekné počasie na jej korunováciu.
Aj vďaka Alžbetinej priazni sa Dee stal jedným z inšpirátorov začínajúcich anglických koloniálnych výbojov. Pochádza vraj od neho dokonca pojem Britské impérium.
Povzbudzoval anglických kapitánov k ďalekým plavbám. Dodával im k tomu nové mapy a vypracoval pre nich presnejšie metódy navigácie. Kráľovnej predložil spis odôvodňujúci anglické nároky na Ameriku, Afriku a polárne krajiny. V Alžbetiných službách i na rozšírenie vlastných vedomostí vykonal Dee niekoľko ciest po Európe. Pri príležitosti korunovácie kráľa Maximiliána v roku 1563 navštívil aj Bratislavu. Alžbeta si Deea veľmi cenila. Keď raz na cestách ochorel, poslala za ním dvoch vlastných lekárov.
Od osemdesiatych rokov sa Deeov záujem od prírodných vied stále viac obracal k okultným vedám. Z nášho pohľadu je Deeov záujem o vedu a mágiu zároveň protirečením. Vedu a okultizmus dnes chápeme ako nezlučiteľné veci.
V Deeových časoch na sklonku renesancie to však bolo naopak. Vtedajší učenci sa snažili spoznať zákony prírody, aby ich prostredníctvom pochopili Boží zámer, vyššie pravdy i skryté sily, ktoré sa podľa nich skrývali za viditeľným svetom. Astronómiu a astrológiu považovali za rovnocenné disciplíny a cesty smerujúce k jednému cieľu.
Alchymista Newton
Rovnaký názor zastával ešte aj zakladateľ modernej fyziky Isaac Newton. Väčšina jeho spisov, dlho zatĺkaných, aby nekazili image veľkého vedca, sa zaoberá práve alchýmiou, neortodoxnými teologickými úvahami alebo kabalou.
Na najdlhší pobyt mimo rodnej krajiny vyrazil Dee v roku 1583. Po cestách ho sprevádzal asistent a učeň Edward Kelly, ktorý sa neskôr už samostatne vypracoval v jednu z najfarbistejších postáv rudolfínskej Prahy.
Magister Kelly, ako sa nechal titulovať, bol pôvodne notár a pre falšovanie úradných listín mu usekli obe uši. V Deeových službách pôsobil hlavne ako médium, cez ktorého vraj jeho zamestnávateľ komunikoval s anjelmi a vyzvedal sa od nich ich tajomstvá.
U Rudolfa neuspeli
V roku 1584 sa Dee s Kellym usadili v Prahe a snažili sa vstúpiť do služieb cisára Rudolfa II. Hlavné mesto Českého kráľovstva a celej Habsburskej ríše bolo v tom čase azda najvýznamnejším centrom európskej vzdelanosti. Postupne sem zamierili skoro všetci, čo na tomto poli niečo znamenali.
Deea a Kellyho však o necelé dva roky neskôr z Čiech vypovedali. Nie je presne známe, prečo práve oni u cisára neuspeli. Podľa jedných ich – možno aj právom – považoval za Alžbetiných špiónov. Podľa iných ich z Prahy vyhnali pod tlakom katolíckej cirkvi, ktorej sa nepáčili mágove údajné kontakty s anjelmi.
Dee z Čiech natrvalo neodišiel. Zakrátko sa vrátil a strávil ďalšie tri roky na juhu krajiny v Třeboni pod ochranou mocného šľachtica Viléma z Rožmberka.
V tom čase už serióznu vedu opustil a žil iba pre svoje experimenty s krištáľovou guľou a anjelmi.
Väčšina dnešných historikov sa zhoduje, že Dee asi naozaj veril, že sa zhovára s vyššími bytosťami. Oveľa menej istí sú si v tom, či médium Kelly dôverčivého učenca jednoducho neťahalo za nos.
Neúspešný mág
Deeova činnosť a jeho prorocké vízie získané prostredníctvom nadpozemských bytostí začali postupne byť aj na vtedajšie pomery pridivoké. Keď navyše svojmu hostiteľovi nedokázal zaistiť to, čo ho zaujímalo najviac – výrobu zlata, stala sa mu pôda v Čechách prihorúca.
Privítal preto, že si naň opäť spomenula jeho hlavná patrónka, kráľovná Alžbeta. Povolala ho na miesto rektora v Manchestri a Dee sa definitívne vrátil do Anglicka.
Nebol to radostný návrat. Jeho povesť významného učenca medzitým už nahradila menej priaznivá povesť bosoráka. V čase neprítomnosti nedôverčiví vidiečania vypálili jeho dom. Zničili pri tom cenné zbierky a obrovskú knižnicu, ktoré za svoj život zhromaždil.
V roku 1603 zastihla Deea posledná rana. Po smrti kráľovnej Alžbety prišiel o posledného významného dobrodinca. Zomrel v biede a opustený v roku 1608.
