Pochádzal z bočnej tirolskej vetvy Habsburgovcov a na trón sa dostal preto, že Rudolf II. a jeho brat Matej I. boli bezdetní.
Nástupnícke práva v rode Habsburgovcov boli presne definované. Cisárom sa vždy stával najstarší syn, a ak mužského potomka nebolo, tak cisárov brat a jeho deti. Táto postupnosť urobila z Ferdinanda Habsburského cisára. Jeho bratranci mu uvoľnili trón, s ktorým takmer nerátal.
Oheň a meč
Ako člen dynastie dostal v roku 1595 správu nad Štajerskom a jeho konanie ukázalo niektoré charakteristické povahové črty - ohňom a mečom potláčal akékoľvek náznaky reformácie a protirečenia katolíckej cirkvi. Pevnú ruku presadzoval neskôr aj v správe celej krajiny.
V roku 1617 urobil český snem historické rozhodnutie, ktoré krajinu zaviedlo do tridsaťročnej vojny. Po tolerantnom Rudolfovi II. a nevýraznom Matejovi napriek zlým referenciám zvolil za budúceho českého kráľa práve Ferdinanda. Španielski Habsburgovci sa Ferdinandovi tajne zaručili, že si nebudú nárokovať tróny v strednej Európe a nového kráľa a neskoršie aj cisára podporia. Protestantská stavovská opozícia nemala na sneme dosť síl presadiť svojho kandidáta.
Aj uhorský snem kopíroval chybu českej šľachty a dal korunu Ferdinandovi, hoci väčšina magnátov prijala protestantizmus a mala voľnú ruku v správe krajiny. Preto hneď vznikli proti novému kráľovi povstania. V roku 1619 sa Ferdinand Habsburský stal aj cisárom Svätej ríše rímskej a nič mu nestálo v ceste, aby krajiny, ktorým panoval, vrátil do lona rímskej katolíckej cirkvi.
Pražská defenstrácia
Všetko sa začalo pražskou defenestráciou v roku 23. mája 1619, keď jeho miestodržitelia skončili na smetisku pod Pražským hradom. Potom české stavy zosadili Ferdinanda z českého trónu a zvolili za kráľa Fridricha Falckého. Vojenské stretnutie sa uskutočnilo na Bielej hore v roku 1620 a totálna neschopnosť českých stavov Habsburgovcov sa posilnila. Čechy si zabezpečili popravami v Prahe a Uhorsko dočasným prímerím s Gabrielom Bethlemom - vodcom povstania uhorských stavov proti kráľovi.
Mandát, ktorý vydal Ferdinand II., nariaďoval nekatolíckym stavom v Čechách buď okamžite prestúpiť ku katolíkom, alebo opustiť krajinu. Z Čiech sa odsťahovali stovky šľachticov a niekoľko tisíc meštianskych rodín. Majetok im skonfiškovali a darovali katolíckym šľachticom - najlepšie rakúskeho pôvodu.
Európa sa rozdelila - španielske dŕžavy Habsburgovcov podporovali Ferdinanda, a mal samozrejme aj podporu rímskej cirkvi a pápeža. Proti sa postavili protestantské krajiny Švédsko, Dánsko, ale aj Francúzsko, ktoré sa obávalo nadvlády Habsburgovcov na kontinente.
Postavenie Habsburgovcov nebolo pevné a jednoznačná nebola ani lojalita niektorých častí ich rozsiahlej ríše. Ferdinand II. dokonca stratil historické pôvodné panstvo svojho rodu. Habsburgovci ho už nikdy nezískali späť. Vynoril sa však nový muž, ktorý za Ferdinanda II. vyhrával vojny a trestal nepriateľov s krutosťou, ktorú nemal ani sám cisár. Bol to Albrecht z Valdštejna. Jeho závratnú kariéru ukazuje dodnes honosný palác v Prahe – prekonal paláce Habsburgovcov.
Kruté časy
Keď knieža prestal bojovať za cisára, a pravdepodobne sám rozmýšľal o českom, ba vraj aj o cisárskom tróne, a vzbudil podozrenie u svojho pána, zavraždili ho neznámou rukou, ktorá však určite niesla rukopis Habsburgovcov.
Vojna, ktorá sa začala len menšou šarvátkou na Bielej hore, sa rozrástla do obrovských rozmerov. Pridala sa aj morová epidémia, na ktorú zomrelo viac ľudí ako v bojoch, pri rabovačkách a popravách. Európe hrozilo vyľudnenie a koniec akejkoľvek ekonomickej prosperity.
Uprostred vojny, ktorá sa však už odohrávala mimo územia stredoeurópskych dŕžav Habsburgovcov, cisár zomrel. Cisárom sa stal jeho syn, ktorý už skôr od otca dostal Čechy a Uhorsko. Podpísal vestfálsky mier a protireformáciu presadzoval oveľa obozretnejšie. Krutá vojna spojená s osudom bigotného Ferdinanda II. Habsburského sa skončila.
