Ruský vplyv na území ľavobrežnej Ukrajiny sa v nasledujúcich rokoch po smrti Bohdana Chmelnyckého posilňoval.
Tento vývoj dospel do tej miery, že jeho slabý a nerozhodný syn Jurij Chmelnyckyj s členmi starešinskej rady koncom októbra roku 1659 v meste Perejaslav potvrdil články dohody, ktorými súhlasil s podriadením sa kozákov ruskému cárovi. Kozácka elita toto rozhodnutie urobila skôr pod nátlakom, pretože v čase zasadnutia kozáckej rady v Perejaslavi bolo v okolí početné ruské vojsko.
Kozáci „perejaslavskými článkami“ dokonca stratili aj slobodnú voľbu hajtmana – vybraného kandidáta musel schváliť cár. Hajtman nemal ani právo viesť diplomatické rokovania, ani podnikať vlastné vojenské akcie, nemal právo menovať či odvolávať plukovníkov. Navyše do vybraných miest v hajtmanáte boli umiestnené ruské vojenské posádky.
Proti tejto dohode preto ostro vystúpili najmä kozáci z pravého brehu Dnepra, proti ktorým neúspešne zasiahla ruská armáda. Pravobrežní kozáci zase hľadali podporu u poľského kráľa Jána II. Kazimíra, ktorý sa dlhšie nevedel rozhodnúť, či kozákom potvrdiť širokú autonómiu.
Samotný Jurij Chmelnyckyj bol zmenami strán medzi kozákmi taký znechutený, že koncom roku 1662 na post hajtmana abdikoval a vstúpil do kláštora. Ani jeho nečakala pokojná smrť v posteli – v búrlivých 80. rokoch sa nechal vtiahnuť Osmanskou ríšou do vnútorných bojov na Ukrajine a zaplatil za to napokon životom.
Ako spojiť pravý a ľavý breh?
Po abdikácii Jurija Chmelnyckého sa rozhorela vojna medzi kozákmi zo západného a východného brehu Dnepra, keďže oba tábory preferovali rôznych protektorov – západní kozáci Poľsko-litovskú úniu a východní Rusko.
Východní kozáci upadli do ešte väčšej závislosti od ruského cára, a hoci ich hajtman a starešinovia získali od cára šľachtické tituly a majetky, radoví mešťania a sedliaci boli daňovo zaťažení a správna moc prešla do rúk ruských úradníkov.

Naopak – na západnom brehu po roku 1665 viedol nový hajtman Petro Dorošenko úspešný boj proti poľskému korunnému vojsku, ktorý chcel zavŕšiť pripojením ľavobrežnej Ukrajiny k svojmu územiu. Tento zámer prekazilo uzatvorenie prímeria (niekedy označované ako mier) medzi Poľsko-litovským kráľovstvom a Ruskom začiatkom roku 1667 v Andrusove (dedinka pri Smolensku).
Prímerie bolo uzatvorené na obdobie trinásť a pol roka a hoci sa na jeho uzatvorení kozácki predstavitelia nepodieľali, týkal sa najmä ich. Dohodou totiž Poľsko definitívne stratilo Smolensk s okolím a tiež ľavobrežnú Ukrajinu s mestom Kyjev v prospech Ruska.
Kyjev síce ležal na pravom brehu Dnepra, bol však za špeciálnych podmienok na dva roky súčasťou Rusmi kontrolovanej ľavobrežnej Ukrajiny (jeho ruská držba sa postupne predlžovala).
Za odstúpenie ľavobrežnej Ukrajiny mal poľský kráľ získať kompenzáciu milión zlotých. Pravobrežná Ukrajina naďalej ostala v poľských rukách. Hoci väčšia časť územia, na ktorom sídlili ukrajinskí kozáci, bola rozdelená medzi dve mocnosti, územie Záporožskej Siče sa stalo formálne autonómnym územím, ktoré spravovali obe krajiny. Ostalo ním až do roku 1686, keď bolo pripojené k Ruskej ríši.

S obsahom mierovej zmluvy v Andrusove nesúhlasili predstavitelia kozákov na oboch stranách Dnepra. Už v januári 1668 obe starešinské rady odmietli zvrchovanosť susedných štátov nad kozákmi a o ochranu poprosili Osmanskú ríšu.
V ľavobrežnej Ukrajine sa začalo proti ruským vojskám povstanie, čo využil hajtman zo západného brehu Petro Dorošenko na pokus o zjednotenie oboch kozáckych území. Na spoločnom stretnutí s hajtmanom ľavobrežných kozákov v polovici júna ho nechal zavraždiť, ale podporu všetkých kozákov aj tak nezískal.
Na ľavobrežnej Ukrajine Rusi ústupkami voči kozáckym požiadavkám opäť priviedli väčšinu z nich na svoju stranu a dosadili za hajtmana im verného človeka (išlo o istého Demjana Mnohohrišného, ktorý pochádzal z nízkych pomerov). Aj on však neskôr nadviazal kontakt s hajtmanom Dorošenkom a upadol preto do ruskej nemilosti.

Na scénu vystupujú Osmani
Plánu o spojenie kozákov z pravého i ľavého brehu Dnepra rozhodol dať pod ochranu Osmanskej ríše, čo na poľskom dvore viedlo k jeho nahradeniu iným hajtmanom – Mychajlom Chanenkom.
Sultán Mehmed IV. (1648 – 1687) v roku 1671 skutočne vyhlásil Rzeczpospolitej vojnu a v roku 1672 s armádou, ktorú osobne viedol do vojny, prekročil Dunaj (v jeho armáde boli aj oddiely z Valašska a Moldavska).
V tejto situácii sa Dorošenko rozhodol zbaviť vnútorných nepriateľov – teda Chanenka a jemu verných kozákov, ktorých porazil v polovici augusta 1672 v bitke pod lokalitou Batih. Po tomto úspechu sa pripojil k osmanskej armáde, ktorá už obliehala pevnosť Kamenec Podolský (ukr. Kamjanec Podilskyj).
Pevnosť po niekoľkých týždňoch kapitulovala a následne Osmani obľahli mesto Ľvov. Kráľ Michal Korybut Wiśniowiecki sa rozhodol so silným súperom radšej nebojovať a v meste Bučač jeho vyslanci uzavreli s Osmanmi nevýhodný mier, ktorým Poľsko prišlo o celé Podolie, navyše malo platiť sultánovi každoročný tribút (tzv. charadž) vo výške 22 000 zlatých dukátov.

Naprázdno neobišiel ani Dorošenko, ktorý získal vládu nad braclavským a kyjevským vojvodstvom (bez mesta Kyjev, ten pevne držali Rusi).
Poľský snem (sejm) však odmietol tento pre neho hanebný mier ratifikovať, a tak sa v roku 1673 medzi kráľovstvom a Osmanskou ríšou opäť rozhorela vojna.
Poľské vojská viedol v tej dobe už preslávený veliteľ korunný hajtman Jan Sobieski, ktorý Osmanov porazil pod pevnosťou Chotyn. V roku 1674 bol Sobieski zvolený za poľského kráľa a pokračoval vo vojne.
Tragická nejednota
Na strane Osmanov bojovali aj kozáci, ktorí však postupne osmanského spojenca znenávideli.
K nenávisti okrem tradičnej náboženskej animozity medzi pravoslávnymi kresťanmi a moslimami prispievalo aj to, že sa osmanská armáda na kozáckom území správala ako na nepriateľskom, rabovala domy sedliakov a odvádzala kresťanské obyvateľstvo do otroctva.
Mnoho kozákov a obyčajných roľníkov preto utekalo na územie ľavobrežnej Ukrajiny, ktorej sa boje zatiaľ vyhýbali. To sa však malo v roku 1674 zmeniť. Hajtman ľavobrežných kozákov Ivan Samojlovič sa totiž rozhodol definitívne poraziť konkurenčného Dorošenka a vpadol na pravý breh Dnepra.