Slovenské národné povstanie zavŕšilo politický aj morálny rozpad ľudáckeho režimu. Poslednou nádejou pre ľudákov sa stal súhlas najvyššieho štátneho predstaviteľa s okupáciou vlastného štátu.
Znamenalo to oprieť sa o nacistický mocenský aparát, ktorý na Slovensku reprezentovali divízie Wehrmachtu, vojská SS, jednotky bezpečnostnej polície SiPo, príslušníci gestapa, ako aj špeciálne protipartizánske jednotky. Pri potláčaní akéhokoľvek odporu civilného obyvateľstva a pri jeho pacifikácii zohrali svoju úlohu aj Pohotovostné oddiely Hlinkovej gardy, ktoré aktívne pomáhali pri perzekúciách, organizovaní teroru a masovej likvidácii účastníkov Povstania.
Jednou z priorít spomenutých zložiek bolo konečné riešenie židovskej otázky, ktorá sa po prerušení (nie zastavení!) deportácií v októbri 1942 dostala na jeseň 1944 do druhej fázy a pre židovskú komunitu na Slovensku znamenala obnovenie deportácií do koncentračných táborov.
Povstanie ako silný impulz
Ešte pred tým, ako Jozef Tiso 30. augusta 1944 v rozhlasovom prejave obhajoval príchod nemeckého vojska na Slovensko slovami, že nemeckí vojaci prišli zlikvidovať partizánsku čeliadku, a teda neprišli Slovensko obsadiť, ale „vrátiť mu charakter národa pokojného, štátu slovenskému štátnu známku štátu usporiadaného a slovenskému pokojamilovnému človekovi vrátiť istotu života a majetku“ – medzi Židmi v pracovných táboroch v Seredi, Novákoch a vo Vyhniach zavládla panika.
Rozruch a nervozitu spôsobil rozhlasový prejav ministra obrany Ferdinanda Čatloša z 29. augusta 1944. Dôstojníkom, vojakom i občanom sa prihovoril slovami: „Známe je vám všetkým, že nepriateľ v hanebnej forme partizánov zákerne prepadol našu drahú vlasť... Náš najvyšší veliteľ, prezident republiky, vláda a ja, minister národnej obrany, sme pevne presvedčení, že v spojení s nemeckými vojskami podarí sa nám zákerný vpád nepriateľa (t j. partizánov ako najväčších nepriateľov Slovenska – pozn. aut.) odraziť a vo všetkých krajoch nášho Slovenska bývalý pokoj a poriadok znova nastoliť. Preto vás vyzývam, aby každý statočný vojak a každý statočný Slovák privítal všade nemecké vojská ako našich spojencov a aby im každý účinne pomáhal.“

Je známe, že toto vyhlásenie nenapísal generál Čatloš a vnútorne s ním ani nemusel súhlasiť. Jeho autorom je vyslanec Tido Gašpar, ako o tom informoval aj nemecký vyslanec Hanns E. Ludin v telegrame na Zahraničný úrad v Berlíne. V každom prípade prejav zapôsobil ako bomba. Po generálových slovách si osadenstvo táborov uvedomilo, že ak Nemci Slovensko obsadia, reálne hrozí obnovenie transportov do koncentračných táborov. V tom čase na Slovensku už kolovali informácie, že pracovné tábory sú len prestupnými stanicami, z ktorých smerujú transporty do okupovaného Poľska, kde na Židov čakala istá smrť.
Chaos, ktorý nastal, spôsobil, že tábory boli v rozklade a ich príslušníci sa postupne rozutekali do blízkeho aj vzdialenejšieho okolia. Prednosta 14. (protižidovského) oddelenia na ministerstve vnútra Anton Vašek okamžite upozornil ministra vnútra Alexandra Macha aj na skutočnosť, že v táboroch, najmä v Novákoch, vznikajú partizánske skupiny, ktoré sa zmocnili zbraní, čím sa situácia ešte viac vyhrotila. Označil ju za nebezpečnú, ba až kritickú.
Keď Vašek získal ďalšie informácie zo všetkých troch pracovných táborov, okamžite začal úradovať: od nadriadených si vyžiadal vojenskú asistenciu, čím by sa zabezpečila predovšetkým ochrana majetku v táboroch, ale nastolil by sa aj poriadok a disciplína. Tábory sa však začali postupne vyprázdňovať a nebolo v nich nikoho, kto by prevzal velenie a kontrolu nad situáciou vrátane ochrany inventára (aj hospodárskych zvierat), dokladov, účtovných a pokladničných kníh. Hrozilo tiež, že dielne, ktoré boli síce zavreté, mohli byť veľmi rýchlo rozkradnuté, pretože vojenská hliadka v táboroch bola len formálna a neplnila príkazy komisára židovských pracovných táborov Júliusa Pečúcha.